Shonen Sunday pertama kali diterbitkan pada hari Selasa, 17 Mac 1959, hari yang sama sebagai Majalah Shonen. Isu debut memaparkan Shigeo Nagashima, pemain bintang Giants Yomiuri pada kulit hadapan, dan barang ucapan oleh Isoko Hatano, ahli psikologi kanak-kanak yang diperhatikan.

Meskipun dengan namanya, Shonen Sunday diterbitkan pada hari Rabu setiap minggu. "Ahad" dalam nama adalah penciptaan editor pertama, Kiichi Toyoda, yang mahu tajuk untuk membangkitkan perasaan hujung minggu yang santai.